3. Fauna

La Isla no cuenta con mamíferos terrestres nativos u autóctonos, los cinco que existen han sido introducidos en el pasado reciente por el hombre, intencional o accidentalmente. Ratas, cerdos, gatos, cabras y venados de cola blanca constituyen la fauna introducida de la Isla. Los cerdos ferales o asilvestrados y las ratas constituyen un verdadero problema en la Isla por el impacto que producen sobre el medio y la diversidad biológica, y requieren acciones de control o manejo.

En las aguas circundantes próximas a la Isla, existe una población residente del delfín hocico de botella o tonina, ocasionalmente han sido observados otros mamíferos marinos como: la falsa orca, la ballena picuda de Cuvier, la ballena jorobada y el cachalote. Se cuenta además con registros de la llegada recurrente de leones marinos de Galápagos provenientes de ese archipiélago, cuya presencia está vinculada con el calentamiento de las aguas por efecto del fenómeno del Niño.

La avifauna de la Isla, está compuesta por unas 100 especies, 13 de las cuales son residentes, es decir que se reproducen en la isla, el resto son visitantes regulares o accidentales. De las especies residentes cinco son terrestres y de ellas tres endémicas de la Isla: un mosquerito, un cuclillo y un pinzón. Además, una reinita es endémica de las islas del Coco y Galápagos. El pinzón de la Isla del Coco con los 13 pinzones de las Islas Galápagos forma parte de los llamados pinzones de Darwin, que sirvieron para que este sabio estableciera sus postulados sobre la evolución de las especies.
El resto de las aves residentes son marinas, entre las que destaca charrán blanco o palomita del Espíritu Santo, cuyo único sitio de anidación en todo el Pacífico Oriental es la Isla del Coco.

Los únicos dos reptiles terrestres, son una lagartija y una salamanquesa, ambas especies son endémicas de la isla. Se han observado tortugas marinas en las aguas circundantes a la Isla: la lora del Pacífico, la tortuga verde y la tortuga carey, sin embargo no hay indicios de que desoven en la isla. También hay registros de la serpiente marina del Pacífico. La fauna de peces de agua dulce de la Isla contiene 5 especies de las cuales tres son endémicas, un chupapiedras, un gobio y una guabina.

Otro de los grupos de organismos de agua dulce que han sido estudiados en la Isla son los camarones. Se han identificado 5 especies, de las cuales dos son endémicas: un langostino y un atyidio.

Según estimaciones realizadas en 1990, la fauna de invertebrados (insectos y otros artrópodos) terrestres colectados en la Isla era de 800 especies, de las cuales tan solo se habían identificado 400 insectos y unos 50 otros artrópodos, con una tasa de endemismo de aproximadamente 14.5 %. Investigaciones recientes han determinado que la fauna malacológica (moluscos marinos) de la Isla es de aproximadamente 600 especies, la ictiofauna (peces) marina conocida hasta la fecha, es de alrededor de unas 300 especies.

La fauna coralina estudiada ha permitido contabilizar un total de 32 especies de corales, 9 de ellos de aguas profundas. Esta diversidad de corales, compuesta principalmente por especies de los géneros Pocillopora, Porites, Spammocora, Pavona y Fungia, pone a la Isla del Coco como una de las localidades de mayor biodiversidad, de estos organismos, en todo el Pacífico Tropical Oriental.