El sistema hidrográfico de la Isla es simple. Está formado por tres cuencas principales. La primera corresponde a la del río Genio, que fluye en dirección sur y desemboca en la bahía Wafer. La segunda es la del río Pittier, que desemboca en la bahía Yglesias, y fluye de norte a sur. La tercera es la cuenca del río Lièvre, de escurrimiento oeste-este, y que desemboca en la bahía Chatham.

También, cuenta con otros ríos y quebradas de menor importancia en caudal y que desembocan directamente al mar en forma de cascadas por los acantilados que la caracterizan. La Isla del Coco es una isla del agua, a pesar de que el recorrido de sus ríos no sobrepasa los 4,5 kilómetros. Por su topografía y por los volúmenes de precipitación, ha desarrollado una serie de ambientes de agua dulce particulares que contienen una excepcional diversidad de organismos.