La Isla del Coco está bajo la influencia de un complejo sistema de corrientes marinas.
Por el este, recibe la influencia de la Contracorriente Ecuatorial del Norte, proveniente del Pacífico del Oeste y Central, que transporta aguas tropicales cálidas ligeramente al norte de la línea ecuatorial, en un recorrido de más de cinco mil kilómetros. Por medio de esta corriente marina de aguas superficiales, en la Isla del Coco se manifiesta, periódicamente, el fenómeno de interacción oceánica y atmosférica conocido como "El Niño".

Otras corrientes menores con influencia sobre la Isla son: la Corriente Costera de Costa Rica, que circula en dirección noroeste y oeste frente a las costas de Centroamérica; las de un remolino anticiclónico, que toma aguas de la Corriente Costera de Colombia procedentes del sur, y de aguas del Golfo de Panamá originarias del norte y que toman dirección oeste, y cuya presencia se manifiesta en la Isla, especialmente durante los meses de Diciembre hasta Abril.

Finalmente, tienen influencia sobre la Isla las aguas del Domo de Costa Rica, fenómeno oceánico originado por diferencias térmicas en el mar (termoclina), que ocurre frente a las costas norteñas de Costa Rica, y que se caracteriza por presentar un desnivel de más de diez metros en la superficie del mar. El Domo de Costa Rica, con un diámetro entre 150 y 300 kilómetros, en su desplazamiento hacia el sur influencia a la Isla.