El CMAR se define por sus características oceanográficas, batimétricas (topografía del lecho marino) y conectividad ecológica. Esta región representa una de las áreas de mayor productividad en el Pacífico Oriental y una de las provincias biogeográficas de mayor diversidad biológica en el mundo.

Se pueden encontrar las formaciones submarinas de la Cordillera del Coco al norte (Isla del Coco) y de la Cordillera de Carnegie al sur (Islas Galápagos), así como por la extensa cuenca del Canal de Panamá (3000 m de profundidad), que se concentran en esta región. El Archipiélago de Galápagos forma parte de un “hotspot” geológico activo desde hace por lo menos 20 millones de años.

Reúne un número significativo de hábitats y ecosistemas únicos y particularmente vulnerables que albergan una gran diversidad biológica y productividad que incluye especies marinas y terrestres endémicas, en peligro de extinción y/o de gran importancia ecológica, económica y estética. La fauna del Corredor incluye ballenas (azul y jorobada) y tortugas marinas en peligro de extinción, así como diversidad de especies de atún, tiburón, mantarraya, peces pico (i.e. pez espada, marlin rayado, marlin azul y pez vela) y aves marinas. Las islas de esta región tienen algunos de los pocos arrecifes de coral que se encuentran bien conservados dentro del Océano Pacífico Tropical del Este.

Varias corrientes marinas convergen y condicionan la dispersión de larvas marinas e influyen los patrones de migración, movilización y distribución (reproducción y alimentación) de un gran número de especies de relevancia regional y mundial. Dinámicas climáticas tales como el fenómeno ENSO (El Niño), hacen que esta región esté sujeta a constante estrés ambiental.