Considerando a la Isla del Coco como una isla oceánica, la dinámica del sistema de corrientes marinas que la circundan puede ayudar a comprender el origen y evolución de su biota terrestre y marina de la Isla.

La Isla del Coco esta situada en un punto central del Pacífico Oriental donde confluyen una serie compleja de corrientes marinas. Para entender la situación a la cual está sometido este territorio insular es necesario explicar el contexto oceanográfico en el cual se encuentra. El sistema de circulación oceánica que rodea la isla está  influenciado por tres componentes principales (Figura 21):

  1. Un complejo de fuertes corrientes que circulan con dirección este, que transportan aguas tropicales cálidas a lo largo y ligeramente al norte de la línea ecuatorial,
  2. Dos corrientes de aguas frías, más o menos bien definidas, que circulan con dirección oeste paralelamente a la corriente cálida citada en primer término, y
  3. Un complejo de corrientes menores que se originan frente a las costas de Centroamérica y que ejercen influencia hasta 800 kilómetros de la costa.

El complejo de corrientes cálidas de circulación está conformado por dos bien definidas corrientes:

La Contracorriente Ecuatorial del Norte (CCEN), que se origina en la parte central y occidental del Océano Pacífico y que circula con dirección este entre los paralelos 4° y 10° de latitud norte a partir de 110° de longitud oeste. La fuerza y penetración de esta corriente varía considerablemente durante el transcurso del año y de año a año. Esta corriente responde a los patrones de circulación atmosférica y en particular a la migración norte-sur-norte de la Zona de Convergencia Intertropical (ZCIT) (Figura 18). La Contracorriente Ecuatorial del Norte (CCEN) se acerca a la costa de Centroamérica durante todo el año alcanzando su mayor intensidad entre agosto y diciembre. Entre los meses de febrero y abril es cuando esta corriente está ausente o débilmente desarrollada y es cuando se presenta en 125° de longitud oeste alcanzando su posición más oriental. Durante el resto del año esta contracorriente puede alcanzar penetraciones entre los 95° y 85° de longitud oeste a partir de donde se bifurca, una parte de este flujo de cálidas aguas toma dirección noreste y posteriormente norte para unirse a las aguas de la Corriente Costera de Costa Rica (CCCR), contribuyendo de esta forma a la creación de un flujo ciclónico alrededor del Domo de Costa Rica (DCR). La otra parte del CCEN toma dirección hacia el sureste y posteriormente hacia el sur para penetrar en un movimiento anticiclónico y unirse a la Corriente Ecuatorial del Sur (SEC).

La Corriente Ecuatorial Submarina (CESM) o Corriente de Cromwell, se origina en el Pacífico Central (aproximadamente a 160° de longitud oeste). Es un estrecho pero bien definido flujo de aguas cálidas que circula en dirección este a lo largo de la línea ecuatorial. A esta corriente se le denomina submarina, por que circula en profundidades mayores a 20 metros y está cubierta por una delgada capa de agua que circula en dirección oeste. Su anchura es de unos 300 kilómetros y su espesor de 200 metros cuando circula a 100 metros de profundidad en su extremo oeste y de 40 metros de espesor cuando llega a su límite más oriental en las Islas Galápagos donde se desvanece (Abbott, 1966). Hasta la fecha no hay información disponible sobre el posible transporte de plankton por esta corriente, ni tampoco evidencia de una posible influencia directa de esta corriente sobre la Isla del Coco.

Las principales corrientes del Pacífico Tropical Oriental de circulación oeste, son dos anchas corrientes que transportan aguas frías. La Corriente Oceánica del Perú que circula en dirección norte a lo largo de las costas de Suramérica y se desvía en dirección oeste a la altura de los 10° de latitud sur, convirtiéndose en la Corriente Ecuatorial del Sur (CES). Esta corriente limita por el norte con la Contracorriente Ecuatorial del Norte (CCEN) a la altura de los 4° de latitud norte y por el sur se extiende hasta la región subtropical con velocidades decrecientes.

La segunda corriente de aguas frías es la Corriente de California (CC) que circula en dirección sur a lo largo de la costa occidental del norte de Estados Unidos y México, girando en dirección oeste a la altura de los 10° de latitud norte, donde se convierte en la Corriente Ecuatorial del Norte (CEN). Esta última corriente capta también aguas de la Corriente Costera de Costa Rica (CCCR) durante los meses de diciembre a marzo y de la Contracorriente Ecuatorial del Norte (CCEN) entre los meses de julio a diciembre, entre los 10° y 20° de latitud norte.

Estas dos corrientes frías se encuentran muy alejadas de la Isla del Coco para tener una influencia directa sobre ella en años normales, sin embargo es posible una influencia indirecta por penetración de aguas de la Corriente Ecuatorial del Sur (CES) en la Contracorriente Ecuatorial del Norte (CCEN) por su límite meridional.

El tercer componente del sistema de corrientes oceánicas que ejerce influencia sobre la Isla del Coco, corresponde a un complejo de flujos que se desarrollan y evolucionan frente a las costas de Centroamérica y del norte de Suramérica. Este complejo tiene varios elementos, entre los cuales se señala la Corriente Costera de Costa Rica (CCCR) que fluye en dirección noroeste y oeste frente a las costas de Centroamérica a partir de Costa Rica. Parece ser que esta corriente lleva parte de las aguas acumuladas por la Contracorriente Ecuatorial de Norte (CCEN) en el Golfo de Panamá y frente a las costas meridionales de Costa Rica. De junio a julio se mantiene paralela a las costas de Centroamérica con altas velocidades. A partir de agosto, a la altura de los 10° de latitud norte, esta corriente toma una dirección oeste y se integra a la Corriente Ecuatorial del Norte (CEN), este patrón se mantiene hasta diciembre. De enero a marzo la CCCR circula en dirección oeste entre los paralelos 9° y 12° de latitud norte integrando sus aguas a un flujo de circulación ciclónica cuyo centro es el Domo de Costa Rica (DCR).

El Domo de Costa Rica (DCR) es una área localizada frente a la costa norte de Costa Rica, donde una fuerte termoclina tropical que provoca un desnivel de hasta 10 metros de profundidad en relación a la superficie del mar. El Domo de Costa Rica (DCR) mide entre 150 y 300 kilómetros de diámetro y se localiza entre los 8° y 10° de latitud norte y entre los 88° y 90° de longitud oeste. La circulación ciclónica alrededor del DCR, ésta está determinada por la CCEN en el sur, por la CCCR en el este y en parte por la CEN en el norte (Wyrtki, 1964).

Frente a la costa de oeste de Colombia se desarrolla un remolino de forma elíptica y de circulación ciclónica, su componente de circulación norte a lo largo de la costa es la Corriente Costera de Colombia (CCC). Su componente de circulación sur sale del Golfo de Panamá con una dirección sur y suroeste teniendo su desarrollo máximo entre los meses de diciembre a abril. Durante este período la mayor parte de estas aguas provenientes del Golfo de Panamá toman una dirección oeste y se unen a un flujo anticiclónico cuyo centro se encuentra en las cercanías de la Isla del Coco en posición 5° latitud norte y 88§ longitud oeste (Wyrtki, 1964). Este último remolino anticiclónico cuyo mayor desarrollo se alcanza entre los meses de diciembre a abril, lo estamos denominando Remolino Anticiclónico del Coco (RAC), por su cercanía a la Isla del Coco y la influencia que ejerce sobre esta isla oceánica. Por lo general a finales de cada año, las aguas del Pacífico Oriental tropical experimentan aumento térmico, este fenómeno se manifiesta como consecuencia de la presencia de un fuerte flujo de aguas cálidas frente a las costas de América tropical. Este flujo de aguas cálidas que han sido transportadas en dirección oeste por la Contracorriente Ecuatorial del Norte (CCEN), se presenta cuando hay un debilitamiento de los vientos alisios que provenientes de Suramérica se dirigen al Pacífico Central y se presenta el Niño oscilación del Sur (ENOS) que es una gradiente entre los niveles de las aguas de los Océanos Pacifico Oriental y Occidental, esto provocado por diferencias entre una zona de alta presión atmosférica frente a las costas de Suramérica y una de baja presión en las cercanías de Indonesia. Con cierta frecuencia este fenómeno anual, de calentamiento de las aguas superficiales, se hace más pronunciado y provoca catastróficos desequilibrios en los ambientes marinos y terrestres de la región. Esta fluctuación oceánica y atmosférica que es conocida actualmente como El Niño Oscilación de Sur (ENOS), se presenta periódicamente en la Isla del Coco y es un factor importante que tiene que ver con el origen y evolución de la biota de la isla.