La Isla del Coco está  localizada en la parte central del Pacífico Oriental Tropical.  Sus límites extremos por el norte se alcanzan en Punta Agujas (5° 33' 26" N), por el sur en Cabo Dampier (5° 30' 06" N), por el oeste en Cabo Lionel (87° 05' 46" W) y por el este en Cabo Atrevida (87° 01' 47" W). Según el Instituto Geográfico de Costa Rica, las distancias que separan la Isla del Coco a territorios de Costa Rica Continental son los siguientes: Cabo Blanco 494 kilómetros, Punta Llorona 502 km  y Punta Burica 532 km.  Así mismo las distancias que separan a la Isla del Coco de otros territorios insulares del Pacífico de Este son las siguientes: Isla del Caño (Costa Rica) 495 km, Isla Malpelo (Colombia) 630 km, Isla Coiba (Panamá) 632 km, Isla Pinta = Abingdon (Galápagos, Ecuador) 681 km, Isla Darwin = Culpepper (Galápagos, Ecuador) 681 km  e Isla Clipperton (Francia) 2375 km.

La cordillera o dorsal sísmica del Coco discurre sobre la Placa del Coco, entre el Archipiélago de las Galápagos y Costa Rica Continental con  dirección sureste-noroeste. Esta cordillera está constituida por una serie de volcanes submarinos originados presumiblemente por el desplazamiento de un punto anómalo (punto caliente o hot spot) sobre el fondo del océano, que según Castillo et al., (1984) correspondería al Mioceno Medio. En la parte central del flanco Noroccidental de esta cordillera sísmica, es que se localiza la Isla del Coco, siendo el único fenómeno volcánico de la dorsal que emerge sobre las aguas desde una profundidad de aproximadamente 3000 metros (Malavassi, 1982).

Como consecuencia del desarrollo geológico descrito anteriormente, la topografía de la isla es muy irregular, sin embargo en la parte central y oriental de la isla se observa una  topografía ondulada localizada a alturas sobre el nivel del mar entre 200 y 260 metros. Los patrones de erosión que se observan en estos sectores de la isla representan un estadio transición entre juvenil y submaduro, del ciclo geomorfológico, con desarrollo de valles en "V". (Malavassi, 1982 y Alvarado, 1989).

El clima de la Isla del Coco está determinado principalmente por las migraciones norte y sur de la Zona de Convergencia Intertropical (ZCIT) (Figura 18), que provoca una constante nubosidad (Figura 19), abundantes precipitaciones pluviales a lo largo de todo el año y persistente viento de dirección predominante suroeste.