Como consecuencia del desarrollo geológico descrito anteriormente, la topografía de la isla es muy irregular, sin embargo en la parte central y oriental de la isla se observa una  topografía ondulada localizada a alturas sobre el nivel del mar entre 200 y 260 metros. Los patrones de erosión que se observan en estos sectores de la isla representan un estadio transición entre juvenil y submaduro, del ciclo geomorfológico, con desarrollo de valles en "V". (Malavassi, 1982 y Alvarado, 1989).

La parte suroccidental de la isla abarca áreas de mucha pendiente, esta topografía es tan escarpada que el acceso al mar desde tierra es casi imposible. La parte septentrional de la isla es una llanura poco ondulada que casi alcanza el nivel del mar.

Los cerros y colinas que se encuentran en el interior de la isla están constituidos por coladas de lava con cantidades subordinadas de brechas tobaceas, todas éstas son fácilmente erosionables lo que provoca formas de contornos irregulares. La más alta elevación de la isla es el Cerro Iglesias, cuya altura ha sido recientemente verificada por el Instituto Costarricense de Electricidad (ICE), alcanza 575.5 metros de altitud. Según (Malavassi, 1982), éste es un volcán de tipo nuclear sin ninguna actividad en su cono.

La isla cuenta con un sistema hidrográfico compuesto por tres cuencas, la primera corresponde a la del Río Genio que discurre en dirección sur y desemboca en la Bahía de Wafer (Figura 04), la segunda a la del Río Pittier cuyo abrupto cauce desemboca en Bahía Iglesias después de hacer un recorrido norte-sur (Figura 05), y la tercera a la del Río Lièvre que tiene un recorrido oeste-este y vierte sus aguas en la Bahía Chatham (Figura 06).

Estas tres cuencas hidrográficos tienen recorridos muy cortos y sus áreas de captación son reducidas (más o menos 5 kilómetros para las dos cuencas mayores), no obstante por los altos volúmenes de precipitación pluvial que estas captan y lo quebrado del recorrido de sus cauces, se presentan frecuentes caídas de agua, siendo las más importantes la catarata Gissler ubicada a pocas centenas de metros al oeste de la desembocadura del Río Genio en Bahía Wafer (Figura 07) y que tiene aproximadamente 55 metros de altura de caída, y la del Río Iglesias localizada en la bahía del mismo nombre y que tiene una caída de 110 metros. El sistema hidrográfico de la isla se completa con una serie de pequeños cursos de agua, muchos de ellos temporales y que desembocan directamente al mar a partir de los acantilados que bordean la mayor parte de la Isla.

La Isla tiene cuatro bahías, tres de ellas localizadas en la costa norte (Chatham, Wafer y Weston), estas dos primeras los únicos fondeaderos naturales de la isla (Figuras 08, 09). En el suroeste de la Isla existe otra bahía; Iglesias (Figura 10) que es muy expuesta para ser utilizada como fondeadero seguro. En las dos primeras bahías del norte señaladas es donde se encuentran las únicas playas arenosas de la isla, estas son pequeñas y de incipiente desarrollo, siendo la de Bahía de Wafer la más evolucionada y extensa. La casi ausencia de playas arenosas en la Isla se debe a la fuerte actividad de las olas y mareas que no permiten la acumulación de material.

Un estudio de las arenas de las Bahías de Chatham y Wafer (Brenes & González 1995) determinó que las curvas granulométricas tienen un patrón de tipo sigmoide, propio de los cordones litorales y agrupan arenas de granulometría media a finas. Las arenas son básicamente coralinas en un 80 %, su origen orgánico y diámetro demuestra que se trata de un "stock" de playa en desgaste constante por abrasión y con poco desplazamiento lateral. La deriva de playa tránsito la produce el oleaje durante las mareas, por lo tanto la estabilidad de estas playas depende del crecimiento de los arrecifes coralinos contiguos que aportan la mayor parte del material.

Las otras costas de la isla son mayormente acantilados verticales de rocas volcánicas que pueden alcanzar hasta 180 metros de altura, estos se formaron por la disyunción columnar de poderosas coladas de lava. Algunos de estos acantilados tienen en su base taludes de derrumbes, producto de la erosión marina, mientras que otros están directamente expuestos a la dinámica del oleaje (Figura 11)

Estos acantilados continúan por debajo el nivel actual de mar formando cavernas, precipicios y taludes submarinos. Según Chubb (1933) esto se debe a que la isla tuvo en un momento de su historia geológica un hundimiento de aproximadamente de 60 a 90 metros en relación al nivel del mar, este fenómeno también explicaría la prolongación submarina de las playas arenosas de las Bahías de Chatham y Wafer. Por otra parte muchos de estos acantilados se encuentran minados en su base como resultado de la erosión del mar provocada por el embate las olas y las oscilaciones de las mareas.

Recientemente (Benumof & Lockewood 2000) han hecho el reconocimiento de las cavernas o cuevas intermareales de la Isla del Coco (Figura 12 y 13). Este reconocimiento incluye principalmente para cada una de ellas de: un código de identificación, georeferencia, dimensiones de la boca, tipo de roca madre en la que se ha desarrollado, morfología del fondo y otras observaciones generales sobre estas cuevas o cavernas. De las 46 cavernas identificadas, 40 se encuentran en las costas de la isla principal y 6 en sus islotes periféricos.

Alrededor de la Isla existen una serie de islotes, rocas y bajos periféricos que representan relictos de flujos columnares de lava erosionados por el mar, entre estos se citan los bajos Alcyone y Victoria; las islas (en realidad islotes): Aleta de Tiburón, Cáscara (Figura 17), Cónica, Dos Amigos (Grande y Pequeña) (Figura 15), Juan Bautista (Figura 16), Manuelita (Figura 14), Montagne, y Pájara (Figura 55); y las Rocas: Gissler, Sumergida, Sucia, y de Barlovento.

El perfil topográfico submarino consiste en desniveles en graderías que se inician en una zona intermareal inexistente (salvo en las bahías de Chatham y Wafer), seguido de arrecifes coralinos en franja sumergidos a poca profundidad, con fondos de arena de granulometría diversa y escombros coralinos, estos perfiles acaban por lo general abruptamente en abismos de varias centenas de metros de profundidad. Las bahías protegidas tienen perfiles submarinos de suave pendiente cubiertos de arena de diversa granulometría, con corales vivos y restos de los mismos de tamaño variable, la parte más expuesta de las bahías tienen pendientes submarinas suaves a moderadas y los islotes y bajos las tienen de moderadas a abruptas pendientes según la exposición y grado de protección.

Recientemente Sibaja-Cordero (2008) realizaron un estudio sobre los organismos presentes en las zonas rocosas intermareales de la isla, las que comparó con otras zonas intermareales del trópico.