Hogar de más de 2.600 especies de flora y fauna

Varias especies clave de los arrecifes del PNIC tienen poblaciones circunglobales que ya están reducidas y los efectos de la pesca ilegal, no reportada y no reglamentada (IUU) en cualquier lugar del mundo, amenazan la sostenibilidad de esas especies. Cada año, millones de tiburones y rayas son víctimas de la captura secundaria en pesquerías dirigidas a otras especies, o descartados como captura incidental no deseada.

Incluye cambios climáticos a largo plazo pueden estar relacionados con el calentamiento global y otros eventos climáticos fuera del rango natural de variación que puede llevar a la desaparición de una especie o hábitat. Ocasionan blanqueamiento y pérdida de corales, migración vertical de especies del arrecife en busca de aguas más frías, sustitución de coberturas o desequilibrios que amenazan la salud del ecosistema.

Afecta la penetración de la luz y por lo tanto baja la productividad del agua, en los fondos al cubrir algas y corales inhibe crecimiento.

Proveniente de aguas residuales, aguas jabonosas, hidrocarburos y otros que generalmente se asocian a comportamientos de visitantes y funcionarios.  Adicionalmente, los desechos plásticos, representados mayormente por pesca fantasma afectan los ecosistemas del Parque Nacional Isla del Coco y aguas circundantes. Ocurre con frecuencia que algún equipo de pesca se rompe o se pierde y termina enredado en algún arrecife del PNIC y ocasiona daños a las especies residentes del arrecife.

Especies introducidas (mamíferos terrestres y flora) que, entre otras consecuencias, aumentan la erosión del suelo y la sedimentación que llega a los arrecifes. En algunos casos compiten con fauna local y podrían ser causante de alteraciones en estructura poblacional que afecten toda una cadena. Existen en el PNIC actualmente 5 especies de mamíferos introducidos (venado cola blanca, cerdo silvestre, gato doméstico, rata negra y rata europea) y al menos 100 especies vegetales introducidas. El problema de especies invasoras también afecta el ecosistema marino.

El turismo mal manejado es una amenaza que podría causar impactos al provocar cambios en comportamiento de la fauna marina, o bien causar daños directos por uso de anclas y otras malas prácticas nocivas para los arrecifes y sus habitantes.