La Isla del Coco está  localizada en la parte central del Pacífico Oriental Tropical.  Sus límites extremos por el norte se alcanzan en Punta Agujas (5° 33' 26" N), por el sur en Cabo Dampier (5° 30' 06" N), por el oeste en Cabo Lionel (87° 05' 46" W) y por el este en Cabo Atrevida (87° 01' 47" W). Según el Instituto Geográfico de Costa Rica, las distancias que separan la Isla del Coco a territorios de Costa Rica Continental son los siguientes: Cabo Blanco 494 kilómetros, Punta Llorona 502 km  y Punta Burica 532 km.  Así mismo las distancias que separan a la Isla del Coco de otros territorios insulares del Pacífico de Este son las siguientes: Isla del Caño (Costa Rica) 495 km, Isla Malpelo (Colombia) 630 km, Isla Coiba (Panamá) 632 km, Isla Pinta = Abingdon (Galápagos, Ecuador) 681 km, Isla Darwin = Culpepper (Galápagos, Ecuador) 681 km  e Isla Clipperton (Francia) 2375 km.

La Isla del Coco tiene un largo máximo aproximado de 7.6 km (en dirección Este-Oeste), un ancho máximo aproximado de 4.4 km (en dirección Sureste-Noroeste), su circunferencia de 23.3 km y cubre una superficie apróximada de 24 kilómetros cuadrados.

Cuando se inscribió la Isla del Coco como Patrimonio Natural de la Humanidad ante la UNESCO en 1997, el área marina protegida era de 977 kilómetros cuadrados, que correspondía a la superficie que cubría un radio de 15 kilómetros (8.33 millas náuticas) alrededor de la Isla. Posteriormente, el 10 de octubre del 2001, el área marina protegida alrededor de la Isla del Coco fue oficialmente ampliada por el Gobierno, pasando de los  15 km (8.33 millas náuticas) a 22.2 km  (12 millas náuticas) alrededor de la Isla, dando como resultado que el área marina protegida de la Isla del Coco es de 1997 km cuadrados (199,700 hectáreas). Esta ampliación fue reconocida durante la XXVI Reunión del Comité del Patrimonio Mundial de la UNESCO, que se realizó en Budapest, Hungría en junio del 2002.

Para la Isla del Coco, se ha definido una zona de amortiguamiento constituida por el área marina de 7.2 km, comprendida entre al anillo de protección absoluta (15 km) y el anillo que define límite de la zona protegida (22,2 km).
La Zona Económica Exclusiva (ZEE) que define el radio de 200 millas alrededor de la Isla del Coco, incorpora 290.000 kilómetros cuadrados al mar patrimonial de Costa Rica, que es 598.628 kilómetros cuadrados, una superficie marina 11 veces mayor que la superficie de Costa Rica terrestre continental. Esta ZEE, no solamente delimita la soberanía nacional costarricense con Ecuador, Colombia y la Comunidad Internacional en alta mar; sino que el  Estado adquiere derechos y responsabilidades de soberanía para explorar, explotar, conservar y administrar los recursos naturales de dicha amplia área geográfica marina.