Una primera amenaza es la presencia actual en la isla de especies alóctonas, es decir plantas y animales que fueron introducidas de manera casual o accidental a la Isla por el hombre. Entre los principales animales introducidos y que se han establecidos en la Isla se señalan la presencia de cerdos, cabras, gatos, ratas y el venado cola blanca.

Los cerdos en busca de alimento escarban el suelo, el que es arrastrado por las fuertes lluvias provocando erosión y arrastre de materiales hacia el mar que provocan turbidez de las aguas y sedimentación sobre los ecosistemas coralinos que circunda la Isla, lo que puede causar degradación y muerte.

Las ratas que se nutren de todo tipo de materia orgánica, en la Isla del Coco se alimentan de diversas especies de la flora y fauna, poniendo en peligro la diversidad excepcional de la Isla, especialmente sus especies endémicas. El impacto de los gatos, cabras y venados no ha sido estudiado, pero se supone que su impacto es menor al de las dos anteriores especies.