El clima de la Isla del Coco está determinado principalmente por las migraciones norte y sur de la Zona de Convergencia Intertropical (ZCIT) (Figura 18), que provoca una constante nubosidad (Figura 19), abundantes precipitaciones pluviales a lo largo de todo el año y persistente viento de dirección predominante suroeste.

El Según Sinergia 69 (2000), otros fenómenos atmosféricos también ejercen cierta influencia sobre la el clima del Pacífico Oriental y por lo tanto sobre la Isla del Coco, entre estas anomalías o fenómenos se señalan la penetración de las denominadas Ondas del Este, los Frentes Fríos modificados, los Flujos de Chorro provenientes de tierra firma, los efectos indirectos de los Huracanes de Atlántico, las Circulaciones Metereológicas Zonales, etc.

La Zona de convergencia Intertropical (ZCIT) (Figura 18) es un cinturón de baja presión que se ciñe al globo terrestre en la región ecuatorial. Está formado, como su nombre lo indica con la convergencia de aire cálido y húmedo de latitudes por encima y por debajo de ecuador. A esta zona también se la conoce por el Frente Intertropical o la Zona de Convergencia Ecuatorial (Figura 18). En inglés se le conoce por su acrónimo ITCZ. El aire es empujado a la ZCIT por la acción de la Célula de Hadley, que es un rasgo atmosférico a escala media y que es parte del sistema planetario de distribución del calor y la humedad. Este aire cálido es transportado verticalmente hacia arriba por la actividad convectiva de las tormentas. Las regiones situadas bajo las oscilaciones de ZCIT generalmente reciben precipitaciones durante más de 200 días al año.

La Zona de Convergencia Intertropical (ZCIT) normalmente se desplaza hacia el sur al inicio del año y hacia el norte a mediados de año, según Tsuchiya (1974) es en las proximidades de la Isla del Coco en que la ZCIT alcanza su posición más meridional, entre los meses de Febrero y Abril (entre 2° y 4° de latitud norte), la ITCZ alcanza su posición más septentrional entre los meses de agosto y septiembre (entre 11° y 15° grados de latitud norte).

Normalmente la presión del aire a nivel del mar es más alta hacia el norte y más baja hacia el sur en cualquier parte de la ITCZ, correspondiendo a una alta presión bajas precipitaciones, y a una baja presión, altas precipitaciones. Esta variación de la posición de ZCIT y de la presión del aire a nivel del mar tienen una influencia directa en la determinación del clima y en la caracterización del sistema de corrientes marinas superficiales que circundan la isla.

Por lo general la información meteorológica y climatológica de la Isla del Coco, es parcial, fraccionada, con series de poca duración y de poca seguridad, por esta razón es casi imposible hacer un análisis cuantitativo y profundo de los diversos parámetros meteorológicos que permitan definir con exactitud el clima de la isla del Coco. Sin embargo a título de información estamos presentando el análisis que hizo Herrera (1984). Basándose en el análisis de los datos climatológicos que existían para la isla (1979-82 y 1984), concluye primeramente que el clima reinante en la Isla del Coco dependen exclusivamente de los movimientos norte y sur y viceversa de ZCIT, la presencia de esta se manifiesta a través de abundante nubosidad (cúmulos, cúmulo nimbos, etc.), con precitación elevada a lo largo de todo el año y un viento con dirección predominante suroeste.

Con relación a las precipitaciones Herrera (1984) señala, que para Bahía Chatham la precitación media anual oscila entre los 5000 y 5500 mm; en Bahía Wafer entre 6000 y 6500 mm, y en las cercanías del Cerro Iglesias entre 6000 y 6500 mm. Por otra parte indica que el período de mayor precipitación es entre mayo y julio, donde se pueden recibir entre 900 y 1000 mm mensuales; los meses con menor precipitación son enero, febrero y marzo (con un mínimo registrado de 150 mm mensuales.

Según el mismo autor (Herrera 1984) los días con lluvia varían entre 11 días con lluvia (igual o mayores a 0,1 mm) para el mes de marzo, hasta 30 días al mes con lluvias en los meses de julio y agosto.

Con este régimen pluvial y con un sistema hidrográfico corto y denso no se logran definir balances hídricos negativos en la isla. Por esta razón no existe una estación ecológicamente seca, teniendo los suelos la suficiente disponibilidad de agua para mantener durante el transcurso de año una vegetación siempre verde y exuberante.

Las lluvias en la Isla del Coco son normalmente torrenciales, vinculadas a sistemas convectivos que producen lluvias intensas y de alto poder erosivo (Figura 20). Esta condición pluviométrica asociada a una drástica topografía, hace que cualquier intervención humana en la isla pueda tener consecuencias catastróficas. Un incremento de la erosión y como consecuencia un aumento en la cantidad de sedimentos arrastrados por los cursos de agua y depositados sobre las frágiles comunidades marinas que circundan la isla.

Según Herrera (1984) en la isla, el promedio anual de temperaturas al nivel del mar es de 25.5° Celsius, con un gradiente térmico de 0.4° C por cada 100 metros de elevación. El promedio anual de la media es de 23.1 °C y el de máximas de 27.6 °C.

Posteriormente la Consultora Sinergia 69 (2000) presentó valores de precipitación para Isla del Coco, a partir de un análisis con la información existente y en especial del Atlas de Datos de la Superficie Marina NOAA/PEML-MAP-FERRET versión 4.91. Los valores de precipitación mensual (Promedios interpolados de varios años) que presentaron son los siguientes: Enero de 200 a 240 mm, febrero 120 mm, marzo de 80 a 100 mm, abril 220 a 240 mm, mayo de 420 a 450 mm, junio de 480 a 500 mm, julio de 440 a 460 mm, agosto 520 mm, septiembre 560 mm, octubre 5200 mm, noviembre de 400 a 420 mm y diciembre de 280 a 300 mm. Según esta información los meses con menos precipitación en la Isla del Coco serían enero, febrero y marzo.